Sistem peradilan militer di Indonesia merupakan bagian dari sistem peradilan di Indonesia, sehingga aturan-aturan mengenai peradilan militer di Indonesia tidak berdiri sendiri, melainkan terkait erat dengan aturan-aturan mengenai sistem peradilan di Indonesia. Oleh karena itu ketentuan yang merubah kompetensi peradilan militer sebagai bagian dari kekuasaan kehakiman (yudikatif) yang ditempatkan dalam UU Nomor 34 Tahun 2004 tentang TNI yang merupakan bagian dari kekuasaan eksekutif adalah tidak lazim dan tidak selaras dengan maksud pembagian kekuasaan dalam UUD Negara RI Tahun 1945. Keberadaan peradilan militer di Indonesia dan keberadaan kewenangan komandan selaku Ankum dan Papera dalam ikut menentukan nasib anggotanya yang melanggar hukum didasarkan pada kesulitan menegakkan hukum dan keadilan terhadap militer jika di adili di peradilan umum. Oleh karena itu agar penegakan hukum di lingkungan TNI tetap dapat dilaksanakan dengan baik dan mudah tanpa menimbulkan permasalahan baru, sementara prinsip-prinsip negara hukum Indonesia yang berdasarkan Pancasila dan UUD Negara RI Tahun 1945 tetap dipedomani, seharusnya perubahan terhadap UU Peradilan Militer tidak hanya didasarkan pada kepentingan hukum semata, akan tetapi harus juga didasarkan pada kepentingan umum dan kepentingan militer, dengan tetap mempertimbangkan asas dan ciri-ciri kehidupan militer.