Pesantren terpadu adalah pesantren-pesantren yang diselenggarakan berada dalam satu komplek dan dikelola secara terpadu baik dari segi kurikulum, pembelajaran, guru, sarana dan prasarana, manajemen, dan evaluasi, sehingga menjadi pesantren yang efektif dan berkualitas. Kualitas yang dimaksud adalah pesantren tersebut minimal memenuhi Standar nasional Pendidikan (SNP) pada tiap aspeknya, meliputi kompetensi kelulusan, isi, proses pendidik dan tenaga kependidikan, sarana dan prasarana, pembiayaan, pengelolaan, penilaian dan telah menyelenggarakan serta menghasilkan lulusan. Sebagai sebuah sistem, pendidikan tidak dapat melepaskan diri dari berbagai sistem kehidupan yang mangitarinya. Sistem pendidikan harus terus bermetamorfosis menuju tataran yang lebih ideal, karena pendidikan merupakan media transformasi masyarakat. Di era modern, pondok pesantren salafiyah diasumsikan akan melakukan perubahan. Masalahnya adalah ketika melakukan perubahan (modernisasi) apakah pondok pesantren salafiyah menanggalkan tradisinya?. jawaban awal terhadap pertanyaan tersebut, tidak. Lalu bagaimana kebijakan yang dilakukan ketika adanya keinginan untuk mempertahankan tradisinya dan keharusan modernisasi?. Pertanyaan ini muncul karena konotasi antara tradisi dan modernisasi merupakan dua kubu yang tidak mungkin menyatu.