Lembaga pendidikan Tinggi Islam di Indonesia juga masih menghadapi masalah seperti permasalahan PT pada umumnya sebagaimana uraian terdahulu. Permasalahan pertama yang dihadapi yaitu kelemahan sumber daya manusia (SDM), manajemen mutu maupun dana. Sementara itu, diketahui bahwa jika suatu lembaga pendidikan ingin tetap eksis secara fungsional di tengah-tengah arus kehidupan yang makin kompetitif seperti sekarang ini, dan ini harus didukung oleh tiga hal, yaitu: SDM, manajemen mutu dan dana (Welch, 2012).

Manajemen mutu PTAI adalah sebuah sistem kompleks yang terdiri banyak elemen yang saling terkait dan saling mempengaruhi. Memandang dunia pendidikan PTAI tidak bisa dilihat hanya dari satu segi, tetapi harus multi perspektif. Di satu sisi, banyak harapan masyarakat terhadap dunia pendidikan PTAI, karena merupakan faktor vital bagi kemajuan mas-yarakat. Tetapi, di sisi lain, banyak sekali masalah yang dihadapi dunia pendidikan PTAI, sehingga harapan-harapan ideal masyarakat sering kali hanyalah harapan yang tidak terujud. Oleh karena pendidikan merupakan sebuah sistem yang kompleks, kompleksitas dan kerumitan yang ada pada dunia pendidikan PTAI harus dilihat dari elemen yang ada dalam dunia pendidikan pada setiap tingkatan atau level.

Tantangan penting yang dihadapi oleh Pendidikan Tinggi Islam adalah bagaimana mengelola sebuah lembaga pendidikan yang bermutu tinggi. Mutu PT memiliki peran sentral dalam upaya peningkatan sumber daya manusia yang bermutu. Kemajuan pendidikan di Indonesia dilihat dari sudut kuantitas cukup baik, sementara perkembangan mutu belum tumbuh secara merata. Pendidikan bermutu merupakan pendidikan yang menghasilkan lulusan yang sesuai dengan harapan masyarakat, baik dalam kualitas pribadi, moral, pengetahuan maupun kompetensi kerja menjadi syarat mutlak dalam kehidupan masyarakat global yang terus ber-kembang saat ini dan yang akan datang.